בעבר הלא רחוק בעולם המערבי (ועדיין כיום במדינות עולם שלישי), מקורן של מחלות רבות נעוץ היה במחסור באבות מזון. תהליכים שהתרחשו מאז מלחמת העולם השנייה הביאו לכך, שכיום נובעות עיקר בעיות התזונה בעולם המערבי מתזונה "עשירה" יתר על המידה. נמצא קשר ברור בין תפריט עשיר מדי באבות המזון לבין תמותה גוברת ממחלות לב ומסרטן. כך התפתח המושג "מחלות עודף". התזונה המקובלת במערב היא מקור לעודפים מזיקים של חלבונים, סוכרים, שומנים רוויים, קלוריות, זרחן ונתרן, ולכמויות של כימיקלים רעילים. יותר ויותר רופאים ותזונאים ממליצים כיום על צמחונות כעל התזונה הבריאה יותר. אולם הרפואה המערבית ממשיכה שלא לשים דגש על מניעת מחלות. הדגש מושם במקום זאת על מתן תרופות למחלות שכבר נגרמו. תרופות אלו מתמקדות לא פעם בסימפטומים ולא בגורמי המחלה, ובמקביל לכך יוצרות תופעות לוואי, המזיקות כשלעצמן. הטיפול במחלות בדיעבד הוא גם יקר יותר עבור מערכת הבריאות, בהשוואה למניעת המחלות מלכתחילה באמצעות הקניית הרגלי חיים נכונים. פעמים רבות ממליץ רופא למטופל להפסיק את צריכת המוצרים מהחי או לצמצמה, רק בעקבות גילוי של מחלת לב או מחלה אחרת, כשלמעשה ניתן היה למונעה אילו ניתנה ההמלצה מוקדם יותר.

השכיחות של התקפי-לב ושל שבץ מוחי נמוכה באופן משמעותי בקרב צמחונים ביחס לאוכלוסיית אוכלי הבשר. מחקרים מראים, שהתמותה ממחלות אלו קטנה ככל שהתזונה הצמחונית נמשכה שנים רבות יותר והייתה קרובה יותר לטבעונות. כמעט כל גורמי הסיכון למחלות לב שכיחים פחות אצל טבעונים וצמחונים: פחות כולסטרול וטריגליצרידים בדם, שכיחות נמוכה של לחץ-דם גבוה, סוכרת והשמנת יתר. בנוסף לכך, תפריט מהצומח הנו מקור למרכיבים המגינים מפני מחלות-לב - כמו, למשל, חומצות שומן בלתי רוויות, הנוטות להעלות את הרמה של HDL ("כולסטרול טוב") בדם.

השפעת התזונה כגורם מסרטן סביבתי הוערכה בכ-60% אצל נשים וכ-40% אצל גברים. מחקרים גילו כי הגורם המסרטן התזונתי החשוב ביותר הוא צריכת שומן גבוהה. בקרב צמחונים נמצא שיעור נמוך ב-30-50 אחוזים (לעומת שאר האוכלוסייה) של מקרי מוות מגידולים סרטניים, כגון סרטן השד, סרטן המעי הגס, סרטן הערמונית וגידולים ברחם ובשחלות. תזונה נכונה מהצומח מקטינה את הסיכון לחלות בסרטן בזכות צריכה מופחתת של שומן, נתרן (מלח), קלוריות וכימיקלים מסרטנים (יש לזכור, שבגופם של בעלי-חיים במשקים מתועשים מצטברים כימיקלים, שמקורם במזון המיוחד שבו הם מולעטים. כימיקלים אלו מוצאים את דרכם לבשר, לביצים ולחלב המופקים מאותם בעלי-חיים). לסיבים התזונתיים, שהתפריט הצמחוני עשיר בהם, יש תפקיד חשוב בהגנה על הגוף מפני סרטן. מומחי מכון הסרטן הלאומי בארצות-הברית ממליצים על תפריט המבוסס על מזונות מהצומח.

מחלת האוסטאופורוזיס מופיעה כאשר העצמות מאבדות כמות גדולה מדי של סידן. רוב הסידן בגוף מרוכז בעצמות. אנו מאבדים סידן באופן מתמיד, דרך השתן והזיעה, ולכן יש צורך בהשלמת הסידן באמצעות המזון. מניעת בריחת סידן מהגוף חשובה לא פחות מצריכת מזונות המכילים סידן. צריכת חלבונים מהחי מגדילה את איבוד הסידן דרך השתן. עובדה זו עשויה להסביר מדוע עצמותיהם של צמחונים חזקות יותר מאשר אוכלי בשר.

בריחת סידן מהעצמות פוגעת בעיקר בנשים מבוגרות. התופעה שכיחה פחות בקרב צמחוניות, טבעוניות ונשים מארצות מתפתחות, ונפוצה דווקא באוכלוסיות מערביות, שבהן כוללת התזונה כמויות גדולות של חלב ומוצריו. הגישה הנוכחית של המועצה הלאומית לבריאות בארצות-הברית גורסת כי המחלה אינה נגרמת בשל מחסור בסידן בתזונה, אלא בשל איבוד גובר של הסידן מהעצמות. זאת בניגוד לדברים שמשננת לנו תעשיית מוצרי החלב בפרסומות שלה. מחקרים הוכיחו, כי עצמותיהם של צמחונים חסונות יותר משל אוכלי בשר בני גילם, ושיש בהן תכולת סידן גבוהה יותר. בקרב צמחוניות קשישות נמצא אובדן של 18% בלבד ממסת העצם, לעומת 35% אצל אוכלות בשר בנות גילן. לדעת החוקרים, הסיבה העיקרית להאטה בתהליך התמוססות העצם אצל צמחוניות היא מיעוט החלבון מהחי בתזונה. לאחר כל ארוחה של בשר או דגים העצם משחררת מעט סידן, ולאחר שנים של אכילת בשר העצם הופכת לשקופה ומחוררת. החלבון מעלה את חומציות הדם, ובכך מעודד בריחת סידן מהעצמות. גם העושר בזרחן בבשר עוף ובדגים גורם להתמוססות עצמות. מאזן הסידן בעצמות נקבע על-ידי היחס בין זרחן לסידן במזון. היחס המומלץ הוא 1:1 עד 1:2. יחס אופטימלי זה קיים בתזונה טבעונית וצמחונית. אצל אוכלי בשר היחס עולה לכדי 1:4.

תופעות כגון מחלת "הפרה המשוגעת" או זיהום ביצים בחיידקי סלמונלה אופייניים לתוצריו של משק החי המתועש. לא מדובר רק בהרעלות מזון המוניות המתרחשות מעבר לים. הרעלת מזון בעקבות אכילת המבורגר במקדונלד'ס או אכילת דג באירוע היא תופעה יומיומית שכיחה. מוצרים מהחי, ובייחוד בשר ודגים, נוטים להתקלקל במהירות רבה. כשהם באים ממשקים מתועשים הם רוויים בכימיקלים, בהורמונים ובשרידי אנטיביוטיקה שניתנו לבעלי-החיים. חלק מהם מסיסים בשומן, ונקלטים בגוף יחד עם השומן של הבשר. מזונות מהחי, ובעיקר חלב, נחשבים לגורמי אלרגיה החזקים והשכיחים ביותר, שכן רבים רגישים לחלבוני החלב, ואחרים אינם מסוגלים לעכל את סוכר החלב (לקטוז).

תזונה צמחית מומלצת נגד קשת רחבה של בעיות בריאותיות נוספות - הפרעות עיכול, מחלות בכליות ובדרכי השתן, דלקת חניכיים, דלקת פרקים ועוד.